| Nhà xuất bản Y học - 2009 | |
Đây
là một tài liệu bao gồm tất cả các kiến thức cơ bản để hiểu rõ về kỹ
thuật PCR và real-time PCR. Tài liệu được viết dựa trên kinh nghiệm thực
tế của trên 15 năm ứng dụng kỹ thuật PCR trong chẩn đoán và nghiên cứu y
học tại Việt Nam của tác giả. Người đọc có thể xem mục lục của sách tại đây
và sau đó tải từng mục ở dạng .pdf về máy tính của mình. Tuy nhiên đây
là file không thể in được. Nếu muốn có một file .pdf hoàn chỉnh, xin
liên hệ email của tác giả: phhvan.nkbiotek@gmail.com
|
|
Đôi nét về tác giả: TS. BS. Phạm Hùng Vân
TS. BS. Phạm Hùng Vân là Giảng Viên môn Vi Sinh, Khoa Y, Đại Học Y Dược TP. HCM. Là một trong các nhà nghiên cứu chủ chốt của nhà trường kể từ khi anh phát triển kỹ thuật PCR thành phương tiện chẩn đoán thường qui để phát hiện được các tác nhân vi sinh gây bệnh trong các bệnh phẩm khác nhau. Tác giả cũng là nhà tiên phong trong tạo ra các giải pháp khắc phục các khó khăn của điều kiện thực tế để khôi phục và thành lập được các xét nghiệm vi sinh tại nhiều bệnh viện trong thành phố cũng như các tỉnh thành lân cận hay xa hơn. TS. BS. Phạm Hùng Vân đã xây dựng hơn 350 sản phẩm và mô hình sản phẩm có thể sẵn sàng sử dụng cho các mục đích khác nhau cũng như các mức độ khác nhau phù hợp cho các trình độ của các phòng thí nghiệm vi sinh lâm sàng cũng như sinh học phân tử lâm sàng.
Tốt nghiệp Bác Sĩ Y Khoa năm 1978, Bác Sĩ Phạm Hùng Vân làm việc tại trường Đại Học Y Dược từ năm 1978 đến nay. Năm 1990, tham gia một khóa tu nghiệp quốc tế về miễn dịch 3 tháng tại Viện Nhiệt Đới Hoàng Gia Amsterdam, Hà Lan. Năm 1994, được thăm và làm việc 5 tuần tại Viện Quốc Gia Huyết Thanh ở Copenhagen. Năm 1995, TS. BS. Phạm Hùng Vân nhận học vị Tiến Sĩ chuyên ngành dịch tễ học tại Đại Học Y Dược TP. Hồ Chí Minh với luận án nhan đề: “Sản xuất các thuốc thử miễn dịch để phát hiện các kháng nguyên hòa tan trong dịch não tủy của các tác nhân vi sinh thường gây viêm màng não mủ”. Năm 1996, anh được tu nghiệp thêm 2 tháng về sinh học phân tử tại Viện Nhiệt Đới Hoàng Gia Amsterdam, Hà Lan. Ngay sau đó anh đã tham gia hình thành và phát triển phòng thí nghiệm sinh học phân tử tại Trường Đại Học và phòng thí nghiệm này sau đó trở thành Trung Tâm Y Sinh mà anh phụ trách phó phòng cho đến năm 1999. Năm 1998, anh được Đại Học Georgia Hoa Kỳ chọn để tham gia theo một workshop 3 tuần lễ tại đây. Năm 1999, qua các đóng góp về xây dựng và phát triển vi sinh lâm sàng trong nước, TS. BS. Phạm Hùng Vân được mời là Thành Viên Chính (principal investigator) của ANSORP (Asian Network for Surveillance of Resistant Pathogens) và Thành Viên Ban Tư Vấn Quốc Tế của APFID (Asian Pacific Research Foundation for Infectious Diseases). Từ năm 1999, với vai trò là thành viên chính của Hội Đồng Tư Vấn Khoa Học cho công ty Nam Khoa, Tiến Sĩ. BS. Phạm Hùng Vân và các cộng sự đã có một phòng thí nghiệm trang bị đầy đủ để tập trung vào 4 vấn đề nghiên cứu chính: (1) Phát triển các sản phẩm và mô hình sản phẩm mới để có thể dùng tại nhiều phòng thí nghiệm y sinh các mức độ khác nhau; (2) Áp dụng các công cụ kỹ thuật cao như real-time PCR, giải trình tự, pyrosequencing, cloning...để phát triển các nghiên cứu và dịch vụ trong chẩn đoán tiền sanh, phát hiện đột biến dành cho giải pháp điều trị đích ung thư và cá nhân hóa điều trị, truy tầm nguy cơ ung thư, phát hiện kháng thuốc trên vi khuẩn và virus...; (3) Phổ biến các kiến thức về vi sinh lâm sàng và sinh học phân tử áp dụng trong nghiên cứu và chẩn đoán thông qua các khóa huấn luyện về chuyên môn; (4) Thực hiện được các nghiên cứu quốc tế và trong nước trên các tác nhân đa kháng hay kháng diện rộng và các tác nhân vi sinh thường gây viêm phổi cộng đồng. Từ năm 2008, anh thành lập phụ trách trưởng đơn vị vi sinh kỹ thuật cao tại bệnh viện Nguyễn Tri Phương. Năm 2009, anh được tín nhiệm là chủ tịch Chi Hội Sinh Học Phân Tử Y Khoa Việt Nam. Cũng từ năm 2009, anh bắt đầu hợp tác cùng với TS. Kenji Abe tại Viện Quốc Gia Các Bệnh Truyền Nhiễm Tokyo, Nhật để nghiên cứu dịch tễ phân tử và bệnh học nhiều bệnh nhiễm, đặc biệt bệnh nhiễm HBV/HCV trên các bệnh nhân ung thư gan và sự lan tràn rubella virus tại Việt Nam và Á Châu. Anh cũng đã giúp đở và phối hợp với Trung Tâm Kiểm Chuẩn Xét Nghiệm TP. HCM thực hiện các chương trình ngoại kiểm xét nghiệm vi sinh. Ngoài ra anh cũng tham gia vào thành phần ban giảng huấn của Trung Tâm Đào Tạo thuộc Viện Vệ Sinh Y Tế Công Cộng TP. HCM với tư cách chủ nhiệm bộ môn Kỹ Thuật Y Học. Năm 2011 TS. BS. Phạm Hùng Vân nhận được giải thưởng thành tưu trọn đời cho các đóng góp về lĩnh vực vi sinh và sinh học phân tử tại Việt Nam do tổ chức SanFrancisco-Ho Chi Minh tặng. Năm 2013 anh được bầu làm chủ tịch Hội Vi Sinh Lâm Sàng TP. Hồ Chí Minh do các nỗ lực liên tục trong phổ biến và triển khai các kiến thức xét nghiệm vi sinh lâm sàng tại Việt Nam.
LỜI NÓI ĐẦU:
Cách đây trên 14 năm, TS. Nguyễn Đức Thái, khi đó
là chủ nhiệm chương trình nghiên cứu gene thiên đầu thống (glaucoma)
tại UCSF, về thăm và báo cáo về kỹ thuật PCR với mong ước là kỹ thuật
này sẽ được ứng dụng trong chẩn đoán - nghiên cứu y học tại Việt Nam,
nơi bắt đầu sẽ là Đại Học Y Dược TP. Hồ Chí Minh. Trong phần thảo luận
sôi nổi hôm đó, có nhiều ý kiến rất phấn kích vì ứng dụng quá tuyệt vời
của PCR, nhưng cũng có các tiếng nói hòai nghi cho là kỹ thuật này sẽ
khó áp dụng được một cách rộng rãi vì Việt Nam chúng ta chưa thể thoát
ra được các điều kiện quá hạn chế của một quốc gia có thu nhập thấp, nền
tảng khoa học kỹ thuật chưa sẵn sàng cho những kỹ thuật cao cấp như
vậy.
Tuy nhiên, chỉ một thời gian ngắn không quá hai
năm sau đó, năm 1997 với sự động viên của GS. Đỗ Đình Hồ và sự khuyến
khích tạo điều kiện của Ban Giám Hiệu nhà trường thời đó, đơn vị sinh
học phân tử y khoa của chúng tôi đã ra đời với ứng dụng PCR đầu tiên
được triển khai là PCR phát hiện M. tuberculosis trong các bệnh
phẩm khác nhau. Một trường hợp xét nghiệm PCR thành công mà chúng tôi
không thể quên được là đã giúp chẩn đoán xác định mẹ của một Phó Giám
Đốc Bệnh Viện tại TP. HCM là bị lao thận chứ không phải ung thư thận như
chẩn đoán lâm sàng, và nhờ vậy chỉ vài tháng sau điều trị, mẹ của anh
đã hết hẳn tiểu ra máu, không phải chịu một liệu pháp phẩu thuật quá
nặng nề mà không hề trúng đích. Tiếp tục từ thành công của PCR chẩn đoán
lao này, chúng tôi đã triển khai thành công PCR phát hiện HBV rồi đến
một tác nhân khó nhất là HCV. Thành công trong xây dựng và phát triến kỹ
thuật RT-PCR phát hiện HCV vào năm 1998 đã củng cố thêm niềm tin của
chúng tôi, đó là nếu nắm chắc kỹ thuật, tìm được nguồn hóa chất cần
thiết, có được mẫu thử, và có quyết tâm thì kỹ thuật dù có khó như
RT-PCR vẫn có thể đưa vào ứng dụng thành công trong chẩn đoán.
Từ các mầm ban đầu mà đơn vị sinh học phân tử y
khoa của trường Đại Học Y Dược TP. HCM đã gieo; trong lĩnh vực y khoa,
PCR và thậm chí real-time PCR (gọi là qPCR), đã được nhiều nhà nghiên
cứu và cả các nhà lâm sàng tại Việt Nam biết đến và cho chỉ định xét
nghiệm để phục vụ cho mục đích chẩn đoán hay theo dõi điều trị. Ngoài
ra, trong lĩnh vực chăn nuôi thú y và nuôi trồng thủy sản, do yêu cầu
kiểm soát phát hiện các tác nhân gây dịch bệnh, PCR cũng được sử dụng
tại nhiều phòng thí nghiệm không chỉ tại các viện nghiên cứu lớn của
trung ương mà cả tại các địa phương nữa. Có thể nói nếu so sánh với các
nước trong khu vực như Thái Lan, Malaysia, Philippine, Indonesia... thì ở
lĩnh vực áp dụng PCR và qPCR trong chẩn đóan, Việt Nam chúng ta không
hề thua kém. Chỉ có cái khác biệt là tại Thái lan, trong y khoa chẳng
hạn, chỉ định xét nghiệm PCR/qPCR chỉ được thực hiện tại các bệnh viện
hay các trung tâm lớn vì đa số các xét nghiệm này chỉ được thực hiện
trên hệ thống kín như Cobas Taqman, hay Amplicor của Roche. Trong khi đó
thì tại Việt Nam, các xét nghiệm này được thực hiện tại nhiều bệnh viện
lớn kể cả một vài bệnh viện tuyến tỉnh hay thậm chí tại một số bệnh
viện tư nhân, trung tâm/phòng xét nghiệm tư nhân. Lý do tại sao như vậy?
Chính yếu là nhờ chúng ta đã khai thác kỹ thuật PCR/qPCR là kỹ thuật mở
(open), chỉ cần thiết bị luân nhiệt thích hợp (máy PCR và real-time PCR
mà hiện nay giá cả không còn cao ngất ngưỡng nữa) và một số thiết bị
thông thường khác có tại phòng thí nghiệm là có thể là xét nghiệm PCR
với các thuốc thử tự chế (home-brews) hay do vài công ty trong nước sản
xuất dựa trên các mồi (primers) hay đọan dò (probe) tự thiết kế hay đã
được phổ biến trên các tạp chí...Tình hình phát triển như vậy cũng có
cái lợi mà cũng có những cái cần chấn chỉnh. Lợi là kỹ thuật phổ biến
được và các nhà lâm sàng có thêm phương tiện xét nghiệm để phát hiện
bệnh, để theo dõi điều trị với giá thành vừa phải và làm được nhiều
nơi...Nhưng vấn đề rất cần phải chấn chỉnh đó là làm thế nào để có thể
kiểm sóat được chất lượng các xét nghiệm PCR và qPCR được thực hiện tại
các nơi. Kiểm sóat chất lượng ở đây theo chúng tôi không phải là phải có
certificate từ cơ quan nhà nước vì thật ra hiện nay chưa có một cơ quan
nhà nước nào thực hiện vấn đề kiểm sóat chất lượng của các xét nghiệm
này, và chúng tôi nghĩ nếu có đi nữa thì các certificate này cũng chỉ có
giá trị trên mẫu được kiểm tra. Do vậy, theo chúng tôi đó là bản thân
người làm xét nghiệm cũng như các nhà chế tạo kit phải nhận diện cho
được trong xét nghiệm PCR/qPCR, các điểm nào trong các khâu thực hiện
xét nghiệm phải được kiểm sóat để kết quả xét nghiệm là đúng với chất
lượng được người sản xuất thông báo hay người làm xét nghiệm mong muốn.
Để làm được như vậy, sự hiểu biết các vấn đề cơ bản trong xét nghiệm
PCR/qPCR đối với người làm xét nghiệm cũng như người sẽ nhận kết quả xét
nghiệm hay sử dụng xét nghiệm sẽ rất là cần thiết. Đây chính là lý do
chúng tôi viết ra cuốn sách này với ước mong đóng góp một phần các kiến
thức hạn chế của mình cho sự nghiệp phát triển và ứng dụng công nghệ
sinh học phân tử trong y học và sinh học của nước nhà.
Tác giả: Phạm Hùng Vân
|
|
